La saison 1998-1999 du FC Nantes est la 56ème saison de l’histoire du club nantais et la 36ème d’affilé en Division 1.
Résultats :
- 7ème de Division 1 avec 48 points (12V, 12N, 10D)
- Vainqueur de la Coupe de France
- 1/16ème finale de la Coupe de la Ligue
Meilleur buteur : Olivier Monterrubio (12)