La saison 1999-2000 du FC Nantes est la 57ème saison de l’histoire du club nantais et la 37ème d’affilé en Division 1.
Résultats :
- 12ème de Division 1 avec 43 points (12V, 7N, 15D)
- Vainqueur de la Coupe de France
- 1/16ème finale de la Coupe de la Ligue
- Vainqueur du Trophée des Champions
- 1/16ème finale de Coupe UEFA
Meilleur buteur : Antoine Sibierski (13)